ในวันที่ 18 มีนาคม พ.ศ. 2542 ที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ครั้งที่ 3/2542 ได้มีมติให้จัดตั้งคณะวิศวกรรมศาสตร์และวิทยาการคอมพิวเตอร์ มหาวิทยาลัยมหาสารคามขึ้น[1] โดยมีคณบดีคนแรกคือ ศาสตราจารย์ ดร.กิตติ อินทรานนท์ ดำรงตำแหน่งคณบดีคนแรกของคณะวิศวกรรมศาสตร์และวิทยาการคอมพิวเตอร์ ซึ่งได้ถูกเชิญมาจากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย[2]

ในช่วงแรกเปิดหลักสูตรการเรียนการสอนอยู่ 2 หลักสูตร คือหลักสูตรวิศวกรรมชนบท และหลักสูตรวิศวกรรมการผลิต โดยในขณะนั้นยังไม่มีอาจารย์ผู้สอน ท่านคณบดีคนแรกของคณะคณะวิศวกรรมศาสตร์และวิทยาการคอมพิวเตอร์ ได้เชิญอาจารย์จากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี และมหาวิทยาลัยขอนแก่นมาเป็นอาจารย์ผู้สอน เดิมที่ตั้งคณะอาศัยอยู่ที่อาคารราชนครินทร์ ชั้น 7 และในช่วงนั้นยังได้มีการขอใช้ห้องทดลองในมหาวิทยาลัยขอนแก่น ในอดีตนั้นคณะวิศวกรรมศาสตร์และวิทยาการคอมพิวเตอร์มีสองสำนักวิชาคือ สำนักวิชาวิศวกรรมศาสตร์ และสำนักวิชาคอมพิวเตอร์ ซึ่งต่อมาภายหลังสำนักวิชาคอมพิวเตอร์ได้แยกตัวออกเป็นคณะวิทยาการสารสนเทศ[2] และในวันที่ 8 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2548 จึงได้เปลี่ยนชื่อเป็นคณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหาสารคาม[1]

ในปี พ.ศ. 2544 คณะวิศวกรรมศาสตร์ได้น้อมเกล้าฯ ถวายปริญญาวิศวกรรมศาสตร์ดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาวิศวกรรมชนบท แด่พระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร[3][4]

ในปี พ.ศ. 2560 คณะวิศวกรรมศาสตร์มีบุคลากรทั้งหมด 92 คน มีนิสิตทั้งหมด 2,289 คน[5]